Tiếp nối phần 1, ở phần này Thomas và các đồng nghiệp sẽ phải đối mặt với thử thách lớn hơn để tìm ra manh mối của tổ chức bí mật WCKD. Cuộc hành trình này sẽ đưa họ đến với vùng đất hoang vắng cùng rất nhiều hiểm nguy. Rất nhiều mê cung sẽ xuất hiện để thử thách khả năng của Thomas và nhiều bí ẩn được tiết lộ đầy bất ngờ.